Podnikatelé se tak nevybíráním datové schránky mohou dostat do problémů. Mnoho úředních dokumentů, například žaloby, výzvy a různá upozornění, totiž obsahuje důležité lhůty. Podle zákona se desátým dnem od odeslání do schránky považují za doručené, firmám tak hrozí, že mohou důležité lhůty „prošvihnout“, což pro ně může mít závažné následky. Podle statistik se fikcí z 12 461 datových zpráv, které byly pomocí systému datových schránek odeslány v pondělí druhého listopadu, ve čtvrtek -tedy po deseti dnech - doručilo 1678 zpráv. To je přibližně třináct a půl procenta. Tyto zprávy si jejich adresáti „nestihli“ vyzvednout, zřejmě proto, že se do schránky vůbec nepřihlásili.
Alespoň jednou se podle Petra Stieglera, ředitele sekce e-governmentu České pošty, podívalo do své schránky jen 51 procent úřadů či firem. Upozorňuje ale, že to není tak výrazný problém.
„Odhadem ale až třicet procent všech firem jsou ,mrtvé‘ subjekty,“ řekl Stiegler. Jde o firmy, které už většinou nevykazují žádnou činnost, nesídlí na adrese uvedené v obchodním rejstříku, je nejasné, kdo je vlastní a ani si nevyzvedly přístupové údaje k datovým schránkám.