V takzvané první prioritní ose se rozdělí celkově 17 miliard. Vybudují se za ně centra excelentního výzkumu, která budou peníze na svůj chod kromě státního rozpočtu čerpat především z mezinárodních grantů. V této kategorii soutěžilo 15 projektů. Nyní je jich vybráno devět, z toho pět velkých (s rozpočtem nad 1,25 miliardy korun).
Druhá prioritní osa má za úkol podpořit regionální výzkumná centra, jež budou větší část peněz na svůj chod získávat ze spolupráce s firmami. O výběru první „várky“ center ve druhé prioritní ose je již rozhodnuto: žádost si podalo 44 projektů, deset z nich začalo pracovat a o zahájení činnosti v dalších dvou nyní ministerstvo školství jedná. Celkem se zatím rozdělilo šest miliard. O dalších 11 miliard mělo zájem 59 projektů. V této druhé „várce“ jich bylo vybráno 29, včetně jednoho velkého.
Kromě toho lze v rámci třetí prioritní osy žádat o peníze na popularizaci, propagaci a medializaci vědy, případně i na informační infrastrukturu. Celkově se bude soutěžit o tři miliardy korun. Ve čtvrté prioritní ose se pak rozdá deset miliard projektům, které na vysokých školách podporují propojení výuky s výzkumem.
